Первоначально село Гильяр располагалось на возвышенностях восточного окончания Самурского хребта. В 1960-е годы гильярцы основали новое село, ниже старого и переселились туда. Затем, в 1965 году в Гильяр были переселены жители села Кахул Ахтынского района.

Название селения Гильяр (Гили) происходит от названия племени, которое проживало в древности на этой земле и называлось "гили". Самые первые упоминания о племени "гили" мы находим в древней албанской книге, где автор описывает события, происходившие в государстве Кавказская Албания до наступления нашей эры.

Вот что он пишет в своей книге: "....Обединившись племена хьел, лег, гили, лезг, кирк организовали очень мощное царство у реки ..."

В то время село Гили находилось на возвыщении у самой реки Самур, откуда как на ладони видна была вся долина реки на многие километры. Сейчас это место расположено между селениями Гильяр и Куйсун. Проведенные здесь в 1953 году экспедицией АН СССР под руководством ученых Котович и Пикиль исследования и раскопки показали, что поселение это относится к медно-бронзовому периоду. Известно оно среди ученых-археологов как "Гильярский могильник".